Algumas empresas valorizam de tal forma os benefícios do SIFIDE que temem perdê-los ao candidatar-se a outros mecanismos de apoio à I&D. Mas a verdade é que não os perdem. O SIFIDE pode contemplar projetos financiados, projetos internos da empresa – não sujeitos a incentivo -, ou projetos de ambos os tipos, não existindo número máximo de projetos por SIFIDE.
No caso de projetos financiados, o benefício fiscal apenas incide na percentagem de investimento que não foi alvo de incentivo. Nos casos em que os projetos não são alvo de incentivo, as condições mantêm-se exatamente iguais.